Профессиональную деятельность начал в 1971 году в мастерской архитектора И.З. Чернявского (ЦНИИЭП лечебно-курортных зданий). Свои основные работы осуществил, работая в мастерской В.В. Лебедева (Моспроект-1, мастерская 12). За 17 лет работы в мастерской принимал участие в разработке проектов застройки кварталов и жилых районов на территории Калининского и Перовского районов Москвы. К наиболее крупным осуществленным проектам относятся застройка центра "Ивановское", кинотеатр "Саяны", жилой дом на Авиамоторной ул., 51. Работая в мастерской Я.Б. Белопольского (Моспроект-1, мастерская 10), Б.А. Шабунин принимал участие в застройке района Северное Бутово. На 2-м съезде Союза архитекторов РСФСР в 1985 году был избран в правление Союза. В качестве одного из секретарей правления занимался проблемами, связанными с творческой деятельностью архитекторов, разработкой новых организационных форм (кооперативы, персональные мастерские). С 29 марта 1990 года по настоящее время работает в собственной мастерской. За 13 лет в ней выполнены такие проекты, как жилой комплекс в г. Набережные Челны (РД), жилой дом на Хавской ул., жилой комплекс на 5-й ул. Ямского Поля (ТЭО), проект жилого комплекса в Куркино, микрорайон №1 - в Москве. Построено административное здание в Пестовском пер., 16, жилой дом на ул. Хачатуряна - лауреат премии "Хрустальный Дедал", и административное здание по Рочдельской ул., 30, ставшее лауреатом премии "Золотое сечение-2003". С 1998 года преподает проектирование на кафедре жилых зданий в Академии МАРХИ.